Научно-техническая и производственная деятельность предприятия осуществляется на основании:

• Устава предприятия
• Решения Федерального Агентства по атомной энергии от 27 декабря 2003 г №73 «О признании организации пригодной эксплуатировать радиационные источники - изделия, в которых содержатся радиоактивные вещества»
• Лицензии  Ростехнадзора на проектирование и конструирование ядерных установок
• Лицензии Ростехнадзора на эксплуатацию ядерных установок, пунктов хранения ядерных материалов и радиоактивных веществ, хранилищ радиоактивных отходов
• Лицензии  Ростехнадзора на изготовление оборудования для ядерных установок, пунктов хранения ядерных материалов и радиоактивных веществ, хранилищ радиоактивных отходов
• Лицензии ФСБ РФ на осуществление работ с использованием сведений, составляющих государственную тайну
• Свидетельства о допуске к работам, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства
• Сертификата соответствия системы менеджмента качества требованиям ГОСТ ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008).

Кроме того, НТЦ "ЯФИ" обладает свидетельством на товарный знак №179921 в отношении приборов и инструментов с приложениями 1 и 2.